医药领域是结晶果糖比较新的应用领域。根据GB/T-国家标准发布，结晶果糖可作为一般食品进行销售或在生产中作为原配料使用，中国药典中，结晶果糖可作为口服或注射用药剂使用，因此市场上已经出现了一些使用结晶果糖的医药制品，而且未来的市场也会逐渐扩大。
结晶果糖应用优势
果糖注射液
结晶果糖在人体内代谢比葡萄糖快，容易被机体吸收，且不依赖胰岛素，对血糖影响很小，适用于葡萄糖代谢及肝功能不全的患者使用，因此结晶果糖已被欧美等国列入药典，作为口服剂或注射液。
甘油果糖注射液
甘油果糖注射液是一种新型的高渗注射液，用于治疗脑出血、脑损伤，是临床降低颅内压、消除脑水肿的一线药物。甘油果糖注射液能有效降低颅内压，消除脑水肿，使病人早日清醒，减轻致残。
果糖Vc片剂
果糖Vc片是以果糖、维生素C为主要成分的营养产品，还可根据需要加入维生素A，D，E，微量元素等。
果糖Vc片的效用同葡萄糖Vc片是一样的。Vc可以用于免疫力低下、感冒，牙龈经常发炎出血的人。皮肤老化、暗黄、有色斑、晒斑，想美白肌肤的人。果糖Vc片适用于儿童，老人，糖尿病人，慢性肝病患者。
药用辅料
药用糖浆，药片糖胞衣中的葡萄糖，都可以改用结晶果糖，适用于糖尿病人，慢性肝病患者等。
解酒制品
在解酒制品中加入果糖，可以发挥果糖的多种功效。果糖吸收代谢迅速，可及时弥补酒精性的低血糖。果糖的代谢过程路径短，耗能低，不产生乳酸，在肝脏缺氧情况下仍可代谢，肝脏负担轻。果糖能促进体内醇的分解，抑制蛋白质消耗，减少毒性最大的中间产物乙醛的停留时间。果糖还可减少酒精对肝细胞的缺氧损伤，减少缺氧肝细胞的死亡，在缺氧消除后及时恢复肝细胞的代谢能力。总之，果糖的解酒作用主要是在保肝护肝，维持正常血糖水平等方面。